Em 21 de abril de 1809, o general Sir Arthur Wellesley desembarcou em Lisboa com 17.000 soldados britânicos. Estes foram fundidos com remanescentes do Exército Português reorganizado pelo coronel anglo-irlandês Wiliam Carr Beresford. Ele foi nomeado C-in-C pelo príncipe regente que evacuou a família real e o governo para o Brasil em novembro de 1807. Juntos marcharam para o norte para repelir a segunda invasão de Portugal pelos exércitos republicanos franceses sob o comando do general Soult que havia tomado Chaves e Porto e aguardavam reforços para invadir Portugal pelo Vale do Tejo. Wellesley decidiu tomar a iniciativa de invadir a Espanha e obteve uma vitória esmagadora em Talavera, após o que foi nomeado Duque de Wellington.

Isso não deteve os franceses, no entanto, que agora eram liderados pelo marechal Masséna, que reuniu três divisões totalizando 65.000 soldados bem treinados e artilharia de 84 canhões. Esta força preparou um terceiro ataque e entrou em Portugal em agosto de 1810 nas fronteiras da Beira. Wellington conseguiu reunir cerca de 50.000 homens, incluindo membros da Leal Legião Lusitana internacional comandada pelo Coronel Robert Wilson, e preparou uma posição nas colinas do Bussaco onde os franceses foram emboscados, perdendo 4.500 homens. Mas o implacável Masséna passou a saquear Coimbra e atacar Tomar, enquanto o exército de Wellington fez uma retirada tática para as linhas fortificadas de Torres Vedras, onde Beresford havia estabelecido uma elaborada posição defensiva. Os franceses caíram na armadilha com o que parecia ser um ataque inicial bem-sucedido à muralha externa, mas foram flanqueados e forçados a recuar para Santarém, onde uma ponte foi improvisada para levar suprimentos e reforços através do Alentejo. Quando ninguém chegou, Masséna decidiu retirar-se para a Guarda com as suas tropas já cansadas e desanimadas. As forças aliadas perseguiram e travaram dois encontros bem sucedidos em Sabugal e Fuentes de Oñoro, após os quais os franceses abandonaram a terceira invasão e finalmente terminaram a ocupação de Portugal.

A década anterior a 1809 tinha sido uma década de humilhação para os portugueses nas mãos dos franceses. Napoleão Bonaparte havia habilmente desmembrado três coalizões de potências européias opostas por meio da diplomacia, força ou suborno. Depois de assinar o Tratado de San Ildefonso em 1796, a Espanha foi forçada a declarar guerra à Inglaterra, que ficou com apenas seu enorme poder naval para bloquear portos continentais e assediar o transporte marítimo. Sem como defender Portugal aliado, a Inglaterra concordou em anular suas antigas alianças e permitiu que Portugal negociasse a neutralidade. Napoleão, temendo que um calcanhar de Aquiles pudesse frustrar seu plano de governar a Espanha, impôs termos impossíveis que incluíam a expulsão de todos os bretões e o confisco de suas posses, a divisão de Portugal em três províncias sujeitas e uma enorme contribuição em dinheiro e militares. ajuda à causa republicana francesa. A guerra e a invasão seguiram-se rapidamente, mas sob a influência das esmagadoras vitórias navais britânicas no Cabo de São Vicente (1797) e Trafalgar (1805), e devido à força da hostilidade pública em Espanha e Portugal, o exército francês, com todas as suas despojos, foi evacuado em 1808 na rota marítima e substituído por um regime fantoche.

A bem sucedida intervenção britânica nas Guerras Peninsulares e campanhas de independência foi sem dúvida a maior e última ocasião em que as alianças anglo-portuguesas foram observadas através da ação militar. No entanto, a economia estava em frangalhos devido à pilhagem francesa e o príncipe regente, que permaneceu no Brasil até 1821, decidiu assinar um novo tratado comercial com a Grã-Bretanha, pelo qual as exportações seriam ‘mais favorecidas’ e as importações seriam tributadas em 15% dos 24% que outras nações foram faturadas. Mas com os tribunais e a administração comercial localizados no Rio de Janeiro, o Brasil continuou a negociar diretamente com a Grã-Bretanha e os países do norte da Europa, em vez de usar Lisboa como centro. A queda de receita resultante e a recusa da França em pagar reparações de guerra adequadas a Portugal causaram muita raiva e a depressão que se seguiu encorajou as pessoas a verem o liberalismo como uma alternativa ao absolutismo.

O comércio de possessões ao redor do Oceano Índico foi gradualmente restabelecido, mas na África Central a influência portuguesa começou a diminuir diante das reivindicações territoriais da Grã-Bretanha, Alemanha, Bélgica e Holanda, enquanto a França continuou a nutrir suas colônias, fundando Brazzaville em 1880. Segundos anos depois, o rei Leopoldo da Bélgica e os alemães fundaram a Associação Internacional Africana, que visava expulsar as fábricas portuguesas (26 de 49) dos territórios do Congo, que se tornou um estado independente em fevereiro de 1885. Isso causou consternação em Lisboa porque ameaçava o sonho português de criar uma colônia de costa a costa através de um corredor ligando Angola a Moçambique. Um pedido de apoio da Grã-Bretanha teve uma resposta morna, pois também tinha aspirações expansionistas, incluindo a construção de um corredor norte-sul centrado no Lago Niasa.

Essa luta das potências europeias para colonizar a África durou até o final do século XIX^º Século com conflitos cada vez mais amargos e ameaças de guerra. Em 1899, por exemplo, Lord Salisbury da Grã-Bretanha exigiu que Portugal declarasse guerra aos bôeres (em violação do tratado de 1875 entre Portugal e Transvaal) em apoio às alianças anglo-portuguesas. Isso foi ratificado por uma declaração secreta assinada em outubro de 1899, que incluía o bloqueio de Lourenço Marques para impedir o envio de armas e suprimentos aos alemães e franceses.

Lealdade e confiança mútua foram testadas por essas disputas indignas sobre a exploração do continente escuro pelos estados europeus, e deve-se dizer que nesse clima competitivo a Grã-Bretanha não era um farol de virtude. Portugal, com poucos recursos de mão de obra e armas, foi impotente para proteger seus interesses e enfrentou a escuridão de suas riquezas.

Na Parte 6, concluiremos este estudo examinando a Aliança de 1900 a 2021